Gerbang Gehenna buatan telah sepenuhnya terbuka, membuat dunia material Assiah menjadi sangat kacau karena banyak manusia yang mulai melihat setan. Di tengah-tengah semuanya, Yukio meninggalkan Ksatria Salib Sejati dan menuju ke Illuminati. Rin memutuskan bahwa dia harus mempelajari rahasia kelahiran mereka. Dia memulai perjalanan 40 tahun ke masa lalu dengan bimbingan Mephisto. Rin menyaksikan pertemuan yang ditakdirkan antara dua orang – seorang yatim piatu yang tinggal di sebuah pabrik yang ditinggalkan bernama Yuri, dan seorang subjek uji coba dari Bagian 13 bernama Shiro.
